Le forme geometriche della composizione si riferiscono al pensiero umanistico e alla filosofia neoplatonica. Nel centro del disegno c'è un rettangolo dalle proporzioni 3:4, che è divisibile in due triangoli con rapporto 3:4:5. Questo triangolo, chiamato egiziano perché usato nel costruire le piramidi, ha una storia lunghissima nella matematica. L'addizione di un semicerchio ad ogni lato del rettangolo centrale risulta nella forma del Nodo di Salomone , simbolo dell'eternità. Nei semicerchi più grandi ci sono due mandorle, chiamate vesica piscis , la forma che, come il pesce, simbolizza il Cristo e l'eucaristia. La composizione interna è circoscritta da un cerchio, a sua volta circoscritto da un quadrato. Come il problema geometrico di quadrare il cerchio, un cerchio in un quadrato rappresentava il perfezionamento dell'imperfetto.
Come le forme, anche le proporzioni esprimono certe idee dell'umanesimo e della filosofia. Tutti i rapporti proporzionali sono basati sui rapporti dei primi cinque numeri interi, ovvero 1,2,3,4 e 5, dai quali è composta la scala musicale tolemaica. Nell'uso di tali proporzioni è implicito il trattamento armonico che è spesso protagonista dell'estetica rinascimentale. Le proporzioni servono anche a far sì che le forme si concatenino per creare un disegno unito.
La lastra è spesso messa a confronto con altri pavimenti coevi, come quello della Cappella Sistina, quello nella cappella di Palazzo Medici, e quello della Cappella del Cardinale di Portogallo in S. Miniato al Monte. Però, nella lastra tombale del Verrocchio troviamo anticipata l'espressione di un'idea di importanza assoluta nel quindicesimo e sedicesimo secolo, cioè il concetto del centro. Nella collocazione della lastra al centro della chiesa, e nel richiamo allo spettatore di mettersi in quel centro per vedere meglio la lastra, è esplicito un riferimento al disegno divino del cosmo, un cosmo nel quale la posizione dell'uomo è centrale.
